在前两作的巨大成功之后，“生化危机”沉寂了相当长一段时间。《生化危机2》当选为1998年度最佳游戏，然而CAPCOM这次并没有象两年前那样急于公布续作。直到98年底，“生化危机”最新作才正式公布，然而这次并不是《生化危机3》而是DC上的《生化危机 代号：薇罗尼卡》。世嘉Dreamcast在98年11月份发售，而公布的首批游戏阵容就有CAPCOM的《薇罗尼卡》。当时CAPCOM并没有公布太多相关资料，然而就是其开发早期的一些游戏画面就足以让人们震撼——人们所熟悉的“伪3D”背景居然完全转化为实实在在的3D画面，而在精美程度上甚至有过之而无不及！当时甚至有传言称“微罗尼卡”的故事发生在伦敦！1999年初，《生化危机3》终正式公布。三上真司在当时公布了该作中最重要的一个“被不断追逐的恐怖感”，据称在该作中“T2型敌人将可以在任何地方来去自如”，而这种敌人就叫“追踪者”。在当年的E3大展上《生化危机3》和《生化危机 代号：薇罗尼卡》成为会场的绝对亮点。CAPCOM还宣布将会在N64上发行一款“回归原点”的《生化危机0》。对于大多数“生化”FANS而言，《生化危机3》并没有让他们满意。虽然凭借PS当时全球7000万台的庞大普及量，该作最终还是取得了全球376万套的骄人成绩，然而与前作的辉煌成就比起来确实显得有点黯淡无光，而在此之后各作品的销量更是让人心寒……尽管如此，《生化危机3》仍然体现了一款大作应有的风范。游戏在画面上较之前作还是有着比较显着的进化，PS的机能已经无法在往上发掘了。系统上，弹药合成以及紧急回避和R2键的加入让玩家眼前一亮；“追踪者”的加入让游戏始终处于一种压迫状态，给玩家以全新的恐怖感觉；游戏中的雇佣兵模式也相当具有可玩性；在难度方面NORMAL得以加强和LIGHT模式有所降低，这也同时照顾了新老玩家的不同需求。G病毒开始在浣熊市大规模爆发，Jill Valentine此次要与UBCS（Umbrella Biohazard Countermeasure Service安布雷拉生化危机对策服务）的成员们一起脱离险境。对于吉尔而言，安布雷拉公司显然就是事件背后的真正元凶，然而对于其研究目的她却一无所知。《生化危机3》前半段故事发生在《生化2》之前，而后半段则在其之后。因此当吉尔正挣扎着逃离险境时，克莱尔与里昂也在城市的另一角经历自己的恶梦。在游戏中吉尔将会发现一代中胆小的直升机驾驶员Brad Vickers惨死于“追踪者”手下。不久后她又遇到了UBCS雇佣兵Carlos Oliveira以及其两个同伴Mikhail和Nikolai，为了阻止“追踪者”Mikhail毅然献身。吉尔和卡罗斯试图开走电车逃生没想到阴魂不散的“追踪者”再度破坏了他们的计划。在与“追踪者”的战斗中，吉尔身中G病毒，最后卡罗斯在安布雷拉所资助的医院中寻找到了疫苗。随后吉尔赶往浣熊市公园，在这里她得知了一个惊人的秘密——此次G病毒的大规模爆发居然是安布雷拉公司一手策划，其目的就是测试G病毒作为生物武器的效力。整个浣熊市目前已经被军方封锁，并隐瞒真相，只有安布雷拉的一些高层人员知道真相，而Nikolai就是其中之一。在一家废弃的工厂里，吉尔获知安布雷拉公司试图发射飞弹摧毁浣熊市以毁灭证据。最后吉尔打倒了Nikolai和“追踪者”，并与卡罗斯一起乘直升机逃离了正在大爆炸的浣熊市。